Τα μαθήματα είναι υποχρεωτικά (Υ) και κατ’ επιλογή (Ε): Ο κάθε μεταπτυχιακός φοιτητής είναι υποχρεωμένος να συμπληρώσει επιτυχώς 105 πιστωτικές μονάδες (μονάδες ECTS) μεταπτυχιακών μαθημάτων, μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας και πρακτικής άσκησης.
Στο Α' Εξάμηνο ο μεταπτυχιακός φοιτητής παρακολουθεί επιτυχώς τα 5 υποχρεωτικά μαθήματα, που αναγράφονται παρακάτω.
Α' εξάμηνο, 5 υποχρεωτικά μαθήματα, 30 μονάδες ECTS
| Κωδικός | Τίτλος | ECTS | Τύπος |
| ΔΕΕΠ 101 | Συστήματα Ελεγχόμενου Περιβάλλοντος | 6 | Υποχρεωτικό |
| ΔΕΕΠ 102 | Διαχείριση Υδατικών Πόρων | 6 | Υποχρεωτικό |
| ΔΕΕΠ 103 | Σχέση Φυτού–Εδαφικού Περιβάλλοντος | 6 | Υποχρεωτικό |
| ΔΕΕΠ 104 | Σχέσεις Εδάφους–Νερού–-Φυτού | 6 | Υποχρεωτικό |
| ΔΕΕΠ 105 | Γεωργία Ακριβείας και Εξοικονόμηση Πόρων | 6 | Υποχρεωτικό |
Β' εξάμηνο, 1 υποχρεωτικό μάθημα, 4 επιλογής, 30 μονάδες ECTS
| Κωδικός | Τίτλος | ECTS | Τύπος |
| ΔΕΕΠ 106 | Ερευνητική Προσέγγιση της Μεταπτυχιακής Διατριβής | 6 | Υποχρεωτικό |
| Επιλογή (Ε) | 6 | ||
| Επιλογή (Ε) | 6 | ||
| Επιλογή (Ε) | 6 | ||
| Επιλογή (Ε) | 6 |
Ομάδα μαθημάτων Α
| Κωδικός | Τίτλος | ECTS | Τύπος |
| ΔΕΕΠ 107 | Ποιότητα Υδάτων και Προστασία Περιβάλλοντος | 6 | Επιλογής |
| ΔΕΕΠ 108 | Υδρολογία Επιφανειακών και Υπογείων Υδάτων | 6 | Επιλογής |
| ΔΕΕΠ 109 | Αρδεύσεις-Στραγγίσεις | 6 | Επιλογής |
| ΔΕΕΠ 110 | Υδροπληροφορική | 6 | Επιλογής |
Ομάδα μαθημάτων Β
| Κωδικός | Τίτλος | ECTS | Τύπος |
| ΔΕΕΠ 111 | Περιβαλλοντική Εδαφοχημεία | 6 | Επιλογής |
| ΔΕΕΠ 112 | Γεωργική Εδαφοφυσική | 6 | Επιλογής |
| ΔΕΕΠ 113 | Αλληλεπίδραση Μικροβιόκοσμου και Διαχείρισης Εδαφών | 6 | Επιλογής |
| ΔΕΕΠ 114 | Ολοκληρωμένη Διαχείριση Θρεπτικών Στοιχείων στο Έδαφος | 6 | Επιλογής |
| ΔΕΕΠ 115 | Διαχείριση Βιοσυστημάτων και Συστήματα Παρατήρησης Γης | 6 | Επιλογής |
| ΔΕΕΠ 116 | Γεωπληροφορική | 6 | Επιλογής |
Ομάδα μαθημάτων Γ
| Κωδικός | Τίτλος | ECTS | Τύπος |
| ΔΕΕΠ 117 | Αξιοποίηση Αγροτικών Αποβλήτων και Παραπροϊόντων με τη Χρήση της Βιοτεχνολογίας | 6 | Επιλογής |
| ΔΕΕΠ 118 | Σχεδιασμός Συστημάτων Ανανεώσιμων Πηγών Ενέργειας | 6 | Επιλογής |
| ΔΕΕΠ 119 | Επεξεργασία Δεδομένων Μεγάλου Όγκου - ΙοΤ | 6 | Επιλογής |
| ΔΕΕΠ 120 | Προσομοίωση και Μοντελοποίηση Βιοσυστημάτων | 6 | Επιλογής |
| ΔΕΕΠ 121 | Τεχνητή Νοημοσύνη-Ρομποτική | 6 | Επιλογής |
Τη Θερινή Περίοδο, ο κάθε μεταπτυχιακός φοιτητής εκπαιδεύεται με πρακτική άσκηση στα αναλυτικά όργανα και συσκευές των Εργαστηρίων του Τομέα Εγγείων Βελτιώσεων, Εδαφολογίας και Γεωργικής Μηχανικής.
Θερινή περίοδος, 1 υποχρεωτικό μάθημα, 15 μονάδες ECTS
| Κωδικός | Τίτλος | ECTS | Τύπος |
| ΔΕΕΠ 122 | Εκπαίδευση στα Αναλυτικά Όργανα και Συσκευές των Εργαστηρίων | 15 | Υποχρεωτικό |
Γ' Εξάμηνο, μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία, 30 μονάδες ECTS
| Κωδικός | Τίτλος | ECTS | Τύπος |
| ΔΕΕΠ 123 | Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία | 30 | Υποχρεωτικό |