Μέθοδοι μελέτης των μικροοργανισμών του εδάφους – σύγχρονες και μοριακές τεχνικές. Τα ένζυμα ως δείκτες. Κατανομή των μικροοργανισμών στο έδαφος, παράγοντες βιοποικιλότητας του εδάφους. Επικοινωνία και ανταλλαγή μηνυμάτων στο έδαφος – ριζόβια και ξενιστές. Επίδραση διαταραχών στη μικροβιακή κοινότητα, αντίσταση και ανθεκτικότητα. Αέρια του θερμοκηπίου και μικροοργανισμοί. Επίδραση της κλιματικής αλλαγής στους μικροοργανισμούς. Καταπονήσεις υγρασίας, ξηρασίας και αλατότητας και μικροοργανισμοί του εδάφους. Μέταλλα και μικροοργανισμοί. Φυτοφάρμακα και αντιβιοτικά στο έδαφος και επίδραση στους μικροοργανισμούς του εδάφους. Εφαρμογές κατσίγαρου, λυματολάσπης, κοπριάς, κομπόστας και μικροοργανισμοί του εδάφους – κολοβακτηρίδια και ιοί στο έδαφος.  Βακτήρια προωθητικά της φυτικής ανάπτυξης, εμβόλια και εφαρμογές. Γενετικά τροποποιημένοι οργανισμοί και αλληλεπίδραση με την εδαφική μικροβιακή κοινότητα